高新技术企业认定程序如下:
企业申请
企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在"高新技术企业认定管理工作网"注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料:
1. 高新技术企业认定申请书;
2. 证明企业依法成立的相关注册登记证件;
3. 知识产权相关材料、科研项目立项证明、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料;
4. 企业高新技术产品(服务)的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料;
5. 企业职工和科技人员情况说明材料;
6. 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品(服务)收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料;
7. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告(包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书);
8. 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。